D'après un témoin de la scène, un homme avec un sac est sorti d'un véhicule de marque Toyota modèle Probox à quelques mètres du portail du domicile de Bikomagu et lui a tiré dessus au moment où il attendait qu'on vienne ouvrir le portail. Le Colonel Bikomagu a foncé le portail mais n'a pu survivre, sa fille qui était dans le même véhicule a été blessée. L'homme armé a ensuite rejoint ses complices dans la Toyota pour prendre fuite; ils ont lancé une grenade avant de s'enfouir, précise le témoin.

La Présidence de la République a sorti un communiqué ce samedi soir pour dénoncer cet assassinat et présenter ses condoléances à la famille.

Le colonel Jean Bikomagu a dirigé l’Etat Major de l’armée durant une grande période de la guerre civile. Des proches du pouvoir tendent à insinuer que les assassinats commis ces derniers jours seraient liés au passé douloureux du Burundi en l’occurrence les conflits ethniques. Mais certains analystes y voient plutôt une tentative de distraire l’opinion de la vraie crise politique qui perdure depuis plusieurs mois au Burundi en voulant éthniser à tort cette crise, surtout que l’assassinat du Colonel Bikomagu intervient une semaine après celui du Général Nshimirimana, membre très influent du pouvoir.