Le gouvernement burundais par le biais de son Ambassadeur aux Nations-Unies a rejeté le rapport d’enquêtes de l’ONU sur le Burundi, le qualifiant de « partial et de politiquement motivé ».
Selon Liz Throssell, porte-parole du Haut-Commissariat des Nations Unies aux droits de l'homme, le Haut-Commissaire des Nations Unies aux droits de l'homme ‘’déplore le refus non fondé de Bujumbura à coopérer avec les enquêteurs de l’ONU’’.
De plus, Zeid Ra'ad Al Hussein trouve inadmissible les menaces d’Albert SHINGIRO ambassadeur du Burundi auprès des Nations-Unies. Une menace de traduire en justice les auteurs du rapport de la Commission pour diffamation et tentative de déstabilisation des institutions burundaises : ‘’le Haut-commissariat des Nations-Unies pour les droits de l’homme a informé au gouvernement burundais qu’il trouve inacceptable que les membres de la commission soient menacés pour le travail fait.’’
Pour le Haut-commissaire des Nations-Unies aux droits de l’homme, cette menace du Gouvernement du Burundi constitue une violation flagrante de l’article VI de la Convention de 1946 sur les privilèges et immunités des Nations Unies, qui s’applique aux experts effectuant des missions pour les Nations Unies.
