Dès le début de cette crise, l’Union africaine a exprimé sa détermination à assumer pleinement ses responsabilités, en tant que garante de l'Accord de paix et de réconciliation d'Arusha (2000), dont le but est de garantir la paix et la démocratie au Burundi. A plusieurs reprises, le Conseil de paix et de sécurité (CPS) de l’UA a rappelé sa préoccupation face aux menaces sérieuses que la situation faisait peser sur la paix et la sécurité au Burundi, mais aussi pour les implications graves qu’elle pouvait avoir sur la région. À la suite de la recrudescence des violences en novembre et en décembre 2015, le CPS avait voté le 17 décembre l’envoi d’une force de 5000 hommes, sous le nom de Mission africaine de prévention et de protection au Burundi, ‘’Maprobu’’.
Cependant, le gouvernement burundais s’était déclaré hostile au déploiement de la Maprobu, menaçant de la considérer comme « une force d'invasion et d'occupation », et se réservant « dans ce cas, le droit d'agir en conséquence ». Par conséquent, le CPS avait décidé le 29 janvier 2016 de surseoir à toute intervention militaire dans l’immédiat, choisissant de privilégier le dialogue politique inclusif.
L’UA et les partenaires internationaux semblent avoir échoué à enrayer la crise au Burundi. Selon le rapport de International Crisis Group du 28 septembre 2016, le président Nkurunziza a exploité les divisions au sein de l’UA, des Nations unies et de la Communauté d’Afrique de l’Est (CAE), l’organisation sous régionale chargée de formuler la réponse du continent sur le Burundi, mais aussi entre ces organisations.
Cela a permis au gouvernement Nkurunziza de repousser les tentatives de la CAE de le ramener à la table des négociations, et a entravé le déploiement d’observateurs militaires et des droits humains habilités par la Commission de l’UA, ainsi que celui de la force de police mandatée par le Conseil de sécurité des Nations unies.
Plusieurs résolutions sur le Burundi ont été adoptées mais n'ont jamais été mis en exécution. Durant plus de deux ans, 4 sessions de dialogue inter-burundais ont été organisés par la Communauté Est Africaine. Le 5ème round, présenté comme le dernier par Benjamin William Mkapa et qui s'est tenu en l'absence du gouvernement et de l'opposition en exil, a duré deux semaines et a finalement accouché d'une souris. Pour cause, les positions étaient irréconciliables, les parties refusant même de s'asseoir ensemble. Parmi les points de divergence, la question de la révision de la Constitution que Gitega a engagée. Après cette session, le facilitateur Mkapa a remis son rapport de fin de facilitation à ses mandants, à savoir les chefs d’Etat de l’EAC.
Depuis cet échec cuisant d'Arusha, rien ne filtre sur d'autres tentatives de rapprochement des parties au confilt.
