Sur leur invitation, la médiation précise aux organisations de la société civile qu'elle appréciera si elles parviennent à déléguer dans les consultations prochaines, des gens « qui ne sont pas sous menace d'un mandat d'arrêt ». La médiation explique que la question de ces mandats d'arrêt émis par Bujumbura est « en cours d'analyse », de quoi révolter ces organisations.

L'ABR, l'ACAT, l'APRODH, le FOCODE, le FORSC et l'OPB ne comprennent pas pourquoi le médiateur « écoute le pouvoir » qui bafoue la liberté et viole la Constitution. Ces organisations trouvent « anormal » qu'une partie au conflit, dont le gouvernement de Nkurunziza, « dicte les règles » à suivre à la médiation, selon les activistes contactés. 

Ces organisations se disent également étonnées que le médiateur considère ces mandats d'arrêt qu'elle juge « fantaisistes » et qu'aucun état au monde, y compris Interpol, « n'a jamais accepté de prendre en considération ». 

Certains leaders de la société civile ont participé à une session de dialogue à Entebbe en 2015 et à Arusha en 2016, signalent ces organisations. Elles se posent alors des questions sur la « motivation » qui pousse la médiation à régler ces mandats en ce moment précis où tout le monde attend le début des véritables négociations. Les mêmes organisations de la société civile regrettent que la médiation déclare sur le formulaire d'invitation qu'elle n'assurera « aucune couverture des risques » de toutes sortes y compris la sécurité des participants. 

Les leaders de la société civile sont convaincus que l'Ouganda et la Tanzanie sont capables d'assurer leur sécurité, et de couvrir les risques « comme ils le font pour les réfugiés qui ont fui le régime répressif de Nkurunziza ». Ces organisations demandent aux médiateurs Yoweri Kaguta Museveni et au facilitateur William Benjamin Mkapa de garantir un dialogue inclusif et effectif, ainsi que la sécurité des participants au dialogue inter-burundais.